Комплекс МиГ-25-40 рассматривался как уникальная, исключительно эффективная система ПВО страны. Однако 6 сентября 1976 г. взлетевший с дальневосточного аэродрома летчик В. Беленко посадил свой МиГ-25П в японском аэропорту Хокодате. Скорее всего, наше поколение так и не узнает истинные причины случившегося. Однако удручающие последствия этого происшествия были очевидны с самого начала - радиоэлектронное оборудование самолета и его вооружение стали доступны для вероятного противника. Это открывало США и их союзникам прекрасные перспективы выработки эффективных средств противодействия. Руководство Партии и Правительства 4 ноября 1976 г. задали развернутую программу реализации соответствующих контрмер, предусматривающую, в частности, замену РЛС и вооружения МиГ-25П.

1. ГСН 2. Рулевой привод 3. Блок управления автопилота (АП) 4. Приемная антенна РВ 5. Оптический канал неконтактного взрывателя 6. Радиоканал неконтактного взрывателя	7. Блок чувствительных элементов АП 8. Передающая антенна РВ 9. Взрыватель 10. Рулевой привод 11. Турбогенератор и газогенератор 12. Боевая часть

С учетом острого дефицита времени, за основу новой РЛС самого быстрого истребителя мира была принята последняя серийная новинка отечественной техники - отработанный для МиГ-23М локатор семейства "Сапфир-23" (РП-23). Важнейшее достоинство этой станции - способность обнаружения и отслеживания воздушных целей на фоне Земли - было достигнуто применением режима квазинепрерывного излучения. В силу этой особенности, а также с учетом использования несколько иного, в сравнении с РЛС "Смерч-А", диапазона длин волн излучения новая станция была принципиально несовместима с импульсными "радийными" ракетами Р-40. Задача доработки вооружения была решена простейшим образом - на ракетах установили новые ГСН РГС-25, созданные на базе РГС-24 ракет Р-24, предназначенных для на МиГ-23МЛ и МиГ-23П. Ракета Р-24 имела существенно меньший диаметр, что привело к сокращению длины на 0,165 м, характерному излому обводов передней части усовершенствованных ракет Р-40Р, получивших наименование Р-40РД. В принципе на Р-40РД имелась возможность увеличения диаметра антенны с соответствующим повышением точности пеленгации, но сужение диаграммы направленности затруднило бы захват цели. Была доработана и тепловая модификация ракеты, получившая обозначение Р-40ТД и усовершенствованную головку самонаведения 35Т1, обеспечивающую атаку как в переднюю, так и в заднюю полусферу цели.

Новая РГС была создана в двухлетний срок, однако первые три пуска прошли неудачно. Не проходило переключения с эквивалента на антенну. Предыстории развертывания разработки подталкивала к предположениям о сознательном вредительстве. К счастью, недостатки быстро устранили, и вскоре авиационно-ракетный комплекс успешно завершил испытания и под наименованием МиГ-25-40Д был принят на вооружение Постановлением от 30 июня 1979 г. При этом РЛС получила обозначение РП-25, а ракета - Р-40Д. Вновь выпущенные самолеты именовались МиГ-25ПД, а доработанные в войсках строевые - МиГ-25ПДС.